一般采取内科治疗先天性代谢缺陷病，例如：
从出生开始就要控制宝宝的饮食。早期控制饮食，对一些宝宝的代谢缺陷病有明显疗效，还可阻止病情发展。
宝宝从出生后2个月开始就要补充低苯丙氨酸，以此来代替水解蛋白，这个过程一直持续至6岁左右。
从宝宝出生起就开始不喂乳类及含半乳糖的食物，最好吃一些谷类、水果、代乳粉、肉、蛋类的食物。
宝宝生下来以后就开始用药物将体内过多蓄积物排出体外。如果是肝豆状核变性，可用络合剂D-青霉胺20mg/(kgd)络合体内过多的铜；如果是原发性痛风，可用丙磺舒等药，既减少肾小管对尿酸的重吸收，又使尿酸排出增多。
总之，宝宝体内缺啥就要补啥。实在不行的话还可以器官移植，可用胎肝、胎脑、肾脏、骨髓、肝脏等移植治疗遗传代谢性疾病。
还要对症治疗。有癫癎的宝宝就要接受抗癫癎治疗，骨骼畸形的就要手术矫正，白内障的就要做手术摘除，脾大的要考虑切脾。
